Можно ли получить японскую визу в чистый паспорт?

Чистая история поездок или чистый загран. паспорт - не являются причиной для отказа в визе.
В любом случае к подготовке пакета документов необходимо подойти основательно. Пакет документов, для подачи визы, Вы можете найти - здесь.